Un equipo internacional de investigadores dice que cada ciudad tiene su propia huella digital, en forma de pat\u00f3genos. El estudio gen\u00e9tico m\u00e1s grande jam\u00e1s realizado sobre microbiomas urbanos (que incluye tanto las superficies como el aire en 60 ciudades de todo el mundo) informa que cada ciudad tiene su propia huella microbiana. El proyecto secuenci\u00f3 y analiz\u00f3 muestras de sistemas de transporte p\u00fablico y hospitales en ciudades de todo el mundo, identificando miles de virus, bacterias y dos arqueas que no se encuentran en las bases de datos de referencia.<\/p>\n\n\n\n
Aproximadamente 4.730 muestras diferentes, tomadas de ciudades de seis continentes en el transcurso de tres a\u00f1os, se utilizaron como parte de este estudio, explica el equipo. El an\u00e1lisis tambi\u00e9n revel\u00f3 un conjunto de 31 especies que se encontraron en el 97% de las muestras.<\/p>\n\n\n\n
Micro\u00fanico “Si me dieras tu zapato, podr\u00eda decirte con un 90% de precisi\u00f3n la ciudad del mundo de donde vienes”.<\/p>\n\n\n\n Este estudio es el primer cat\u00e1logo mundial sistem\u00e1tico de ecosistemas microbianos urbanos, seg\u00fan los autores. A pesar de la amplitud de los resultados aqu\u00ed, el equipo conf\u00eda en que cualquier muestreo posterior de este tipo continuar\u00e1 encontrando nuevas especies.<\/p>\n\n\n\n El documento tiene sus ra\u00edces en 2013, cuando Mason comenz\u00f3 a recolectar y analizar muestras microbianas en el sistema de metro de la ciudad de Nueva York. Despu\u00e9s de publicar sus hallazgos, Mason fue contactado por otros investigadores de todo el mundo que quer\u00edan realizar an\u00e1lisis similares en sus propias ciudades. As\u00ed que elabor\u00f3 \u200b\u200bun protocolo que pod\u00edan seguir y lo public\u00f3 en YouTube. Las muestras deb\u00edan recolectarse utilizando hisopos libres de ADN y ARN y enviarse a un laboratorio en WCM para su an\u00e1lisis junto con los controles. La mayor parte de la parte del an\u00e1lisis fue manejada por una supercomputadora del entorno de descubrimiento de ciencia e ingenier\u00eda extrema (XSEDE) en Pittsburgh. Dos a\u00f1os despu\u00e9s, en 2015, Mason cre\u00f3 el Consorcio Internacional MetaSUB (Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes) para manejar mejor todos los datos que la gente le enviaba. Ahora llegaban muestras de aire, agua y aguas residuales de todo el mundo, adem\u00e1s de las de superficies duras.<\/p>\n\n\n\n Dichos estudios gen\u00f3micos pueden ayudar a detectar brotes de infecciones conocidas y desconocidas y pueden ayudarnos a controlar los niveles de microbios resistentes a los antibi\u00f3ticos en diferentes entornos urbanos. Tambi\u00e9n es una herramienta muy \u00fatil a la hora de analizar la evoluci\u00f3n de la vida microbiana.<\/p>\n\n\n\n “Hay millones de especies en la Tierra, pero tenemos una referencia completa y s\u00f3lida del genoma de s\u00f3lo 100.000 a 200.000 en este momento”, dice Mason, y explica que el descubrimiento de nuevas especies puede ayudar con la construcci\u00f3n de \u00e1rboles geneal\u00f3gicos microbianos para ver c\u00f3mo diferentes especies est\u00e1n relacionadas entre s\u00ed.<\/p>\n\n\n\n “Seg\u00fan los datos de secuencia que hemos recopilado hasta ahora, ya hemos encontrado m\u00e1s de 800.000 nuevas matrices CRISPR”, dice. Adem\u00e1s, los hallazgos indican la presencia de nuevos antibi\u00f3ticos y peque\u00f1as mol\u00e9culas anotadas de grupos de genes biosint\u00e9ticos (BGC) que son prometedores para el desarrollo de f\u00e1rmacos.<\/p>\n\n\n\n Estas muestras dieron lugar a los resultados publicados en este art\u00edculo: se identificaron 4.246 especies conocidas de microorganismos en todo el mundo, 31 de las cuales estaban presentes en el 97% de todas las muestras de \u00e1reas urbanas.<\/p>\n\n\n\n \u201cUno de los siguientes pasos es sintetizar y validar algunas de estas mol\u00e9culas y los grupos de genes biosint\u00e9ticos (BGC) pronosticados, y luego ver qu\u00e9 hacen desde el punto de vista m\u00e9dico o terap\u00e9utico\u201d, dice Mason. “La gente a menudo piensa que una selva tropical es una abundancia de biodiversidad y nuevas mol\u00e9culas para terapias, pero lo mismo ocurre con una barandilla o un banco del metro”.<\/p>\n\n\n\n El art\u00edculo Un mapa metagen\u00f3mico global de microbiomas urbanos y resistencia a los antimicrobianos<\/em> ha sido publicado en la revista Cell<\/a>.<\/p>\n\n\n\n
<\/strong>\u201cCada ciudad tiene su propio ‘eco molecular’ de los microbios que la definen\u201d, dice el autor principal Christopher Mason, profesor de Weill Cornell Medicine (WCM) y director de la Iniciativa WorldQuant para la Predicci\u00f3n Cuantitativa.<\/p>\n\n\n\n